病原微生物是指可以侵人體，在宿主中生長繁殖、釋放毒性物質等引起機體不同程度病理變化、發生感染的微生物，包括細菌、病毒、真菌、寄生蟲、衣原體、支原體等。病原微生物檢測并非新領域，基于病原學證據的抗感染一直都是臨床診療的'金標準'。如果能盡早識別致病病原、啟動恰當的抗感染方案可改善患者預后，尤其是重癥感染者。病原微生物檢測在感染判定中意義重大，越來越多的檢測技術引入臨床，除了傳統的檢測方法如涂片染色、培養分離、免疫學技術、核酸檢測等，還有新興的二代測序技術(Next-generationsequencing，NGS)等。
傳統的病原微生物檢測方法：
傳統的病原微生物學實驗室檢查以染色、培養、生化鑒定等為主，將標本直接涂片染色鏡檢和接種在培養基上進行分離培養是對細菌或真菌感染性疾病進行病原學診斷的常用方法。
1、直接涂片鏡檢病原微生物體形體積微小，大多無色半透明狀，將其染色后可借助顯微鏡觀察其大小、形態、排列等。直接涂片染色鏡檢簡便快速，對那些具有特殊形態的病原微生物感染仍然適用，例如淋球菌感染、結核分枝桿菌、螺旋體感染等的早期初步診斷。直接涂片鏡檢不需要特殊的儀器和設備，在基層實驗室里仍然是十分重要的病原微生物檢測手段。
2、分離培養與生化反應分離培養主要用于臨床標本(如血液、痰、糞便等)或培養物中有多種細菌時對某一種細菌的分離。細菌的生長繁殖需要一定時間，檢測周期較長，不能同時處理批量樣本。為解決這一問題，各種自動化培養和鑒定系統不斷產生，傳統鑒定方法也在逐步改進，大大加快了檢驗速度。例如MicroscanWalLCAway全自動微生物分析儀，可同時做細菌鑒定和藥敏試驗，檢驗500多個菌種。苛養菌如肺炎鏈球菌、淋病奈瑟菌、流感嗜血桿菌等對營養要求比較高，常規培養陽性率低。雍剛等將不要同比例的葡萄糖、玉米淀粉、生長因子、酵母粉、氨基酸等特殊增菌劑加入到巧克力培養基中制成了新型淋病奈瑟菌培養基，大大提高了淋病奈瑟菌的分離培養率。蘇盛通等在營養瓊脂中加人了中藥紅棗、赤小豆培養甲型鏈球菌、乙型鏈球菌、肺炎鏈球菌等細菌，生長指數明顯高于血平板。
3、組織細胞培養活組織細胞培養適于專營活組織細胞內生存的病原體，包括病毒、立克次體、衣原體等。不同病原體敏感的組織細胞是不一樣的，將活細胞從病原體敏感的動物組織中取出在體外進行原代培養或用病原體敏感細胞系進行傳代培養，再將病原體接種于相應的組織細胞中后，病原體可在其中繁殖增長，引起特異性的細胞病變效應。也可以將病原體直接接種于敏感動物體內，引起相應組織器官出現特異的病理學改變。往往可以根據這些特異的病變對病原體進行鑒定。
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