病原微生物指朊毒體、寄生蟲（原蟲、蠕蟲、醫學昆蟲）、真菌、細菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體、病毒。某些病原體反復接觸某些化學治療藥物后，其反應性不斷減弱，以致病原體可抵抗該藥而不被殺滅或抑制，這就是病原體對藥物的耐受性，稱為耐藥性或抗藥性。產生抗藥性的主要原因是藥物劑量不足或長期使用某種藥。許多細菌和寄生蟲都會發生抗藥性。病原體產生了抗藥性，常使療效減小或*失效。抗藥菌株具有遺傳性，因此，在治療疾病時要嚴格掌握適應癥，防止濫用藥物。
細菌的致病物質細菌的致病物質主要包括細菌的菌體表面結構、侵襲性酶及毒素。菌體表面結構有兩類，一類具有黏附作用的結構，如磷壁酸、多包被、菌毛等；另一類是具有抗吞噬作用的結構，如莢膜、微莢膜、A型鏈球菌的M蛋白、金葡菌的A蛋白等。侵襲性酶是細菌合成分泌的胞外酶，一種有抗吞噬作用的酶，如金黃色葡萄球菌產生的血漿凝固酶，可在細菌周圍形成纖維蛋白包裹層，抵抗人體吞噬細胞和補體、抗體的作用，保護細菌。另一種可幫助細菌在體內擴散的酶，如A型鏈球菌產生的透明質酸酶。
細菌的毒素有內毒素和外毒素。內毒素是革蘭氏陰性細菌細胞壁的脂多糖，在細菌死亡裂解時釋放，對人和動物有毒性，被稱為內毒素，其主要成分是類脂A。由于多數革蘭氏陰性細菌的內毒素類脂A化學組成相似，因此對人類產生的致病作用也相似，主要是引起機體發熱、白細胞數量的改變、內毒素血癥和休克、彌散性血管內凝血(DIC)等。重度革蘭氏陰性細菌感染時，大量內毒素直接激活凝血系統，導致嚴重的臨床綜合征而死亡。外毒素是由活致病菌產生的蛋白性物質，又稱為分泌性毒素，毒性強烈且具有組織器官特異性。根據外毒素作用靶細胞的不同，外毒素可分為神經毒素、細胞毒素和腸毒素。
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